L'attività di monitoraggio dei corpi idrici è condotta principalmente secondo protocolli e modalità standardizzate a livello nazionale e della Unione europea, in modo da classificare la qualità delle acque in modo omogeneo e comparabile e riscontrare se gli obiettivi di qualità, al cui raggiungimento gli Stati membri si sono impegnati, sono rispettati.
Nel caso di inquinanti emergenti o di particolare preoccupazione sul territorio regionale, come nel caso dei PFAS, il monitoraggio è andato ben oltre i requisiti minimi obbligatori e ha raccolto una base informativa particolarmente significativa.